O Bioparque está localizado no município de Serra Negra, pertencente ao Circuito das Águas Paulista. É uma região inserida no bioma Mata Atlântica, com o domínio de Floresta Ombrófila Densa. A Mata Atlântica é considerada um dos principais hotspots do mundo.

Hotspot é uma região caracterizada pelo alto índice de espécies endêmicas ameaçadas de extinção. Este bioma possui cerca de 20 mil espécies vegetais, 260 de mamíferos, 850 de aves, 200 de répteis, 370 anfíbios e 350 de peixes.  Sua área original era de 1,36 milhões km² e atualmente restam apenas 7% deste total.

O Bioparque Serra Negra conta com uma área de 28 hectares coberta por vegetação nativa, onde estão inseridas as trilhas interpretativas e demais infraestruturas. Nesta área é possível encontrar diferentes espécies de animais e vegetais que ocorrem nesse bioma.